一、脑脊液常规检查
70％的患者脑脊液压力增加，一般为1.96～3.92kPa（200～400mmH2O），慢性病例可在正常范围内，外观清澈，透明或微混，97％病例的白细胞计数轻至中度增多，平均约180/mm3，少数可超过500/mm3，常以淋巴细胞占优势，90％以上病例的蛋白含量呈轻至中度增高，个别可达400mg/dl以上，糖定量大多减低，少数病例可降至0，氯化物含量轻至中度减低，艾滋病人合并隐球菌脑膜炎时，脑脊液检查可正常，但病原检查阳性。
二、病原检查
1、涂片：早期脑膜炎脑脊液涂片阳性率可达85％以上，取3～5ml脑脊液，离心沉淀，沉淀物加等量上海墨汁，显微镜下检查，菌体直径4～6μm，外圈有一透光厚壁，厚度一般为5～7μm，厚膜是致病性隐球菌的标志，以10％氢氧化钾液处理或直接涂片作镜检，则只见菌体而不见厚膜，常误认为淋巴细胞。
2、培养：将标本接种于葡萄糖蛋白胨琼脂培养基上，室温（25℃）或37℃培养2～5日即可生长，非致病性隐球菌在37℃时不生长，培养无生长时需保留3～4周，痰培养阳性率仅20％，脑膜炎病人脑脊液培养阳性率较高。
3、动物接种：以小白鼠最敏感，将脑脊液或其他标本行腹腔内，尾静脉或颅内注射，小白鼠在2～8周内死亡，脑内可发现大量隐球菌。
三、免疫学试验
1、抗体检测：隐球菌的厚荚膜内含特异抗原性的多糖体，约90％隐球菌脑膜炎患者的血清或脑脊液中可检出这一抗原或相应抗体。
2、抗原检测：以隐球菌抗体包被乳胶，则可用来检测抗原，脑膜炎病人脑脊液抗原的阳性率达92％，血清的阳性率为75％，而非脑膜炎病人的阳性率为20％～50％，患者体内若存在类风湿因子，则可出现假阳性，须设立类风湿因子阳性对照，脑脊液含抗原而无抗体者提示病变仍在活动，反之则说明病情在好转中，脑脊液涂片阴性患者的抗原检测可为阳性。
四、X线摄片：疑为肺隐球菌病应做X检查，肺隐球菌病X线检查无特异性，可见有弥漫性炎性浸润，支气管周围浸润或类似粟粒结核阴影，肺门及纵隔很少被侵犯。骨累及时，X线检查示边缘清楚的溶骨性损害。