亚急性联合变性的发生是由于遗传因素和某些疾病因素导致机体维生素B12的缺乏，从而产生本病，其具体发病原因及病理表现如下所述。
一、亚急性联合变性的发病原因
1、遗传因素
近年研究提示亚急性联合变性有自身的免疫学发病基础。自身遗传素质可能起重要的作用。自身免疫功能紊乱，可产生胃壁细胞抗体或内因子抗体，胃黏膜淋巴细胞浸润，影响胃的泌酸功能和内因子的分泌。在自身免疫萎缩性胃炎患者中，抗IF免疫球蛋白可能与维生素B12的选择性吸收障碍关系密切。
2、疾病因素
消化道疾病、胃肠道切除术后均可直接影响维生素B12的吸收而导致维生素B12缺乏。先天性内因子缺乏或转运钴胺素代谢紊乱，均可影响维生素B12的代谢过程。母乳喂养的婴儿，由于母亲摄入维生素B12过少可导致婴儿发病。
二、亚急性联合变性的病理
病变主要在脊髓后索及侧索中的锥体束。其中以中胸段脊髓受损最早也最严重，越向颈段病损越轻，上颈段脊髓只有后索受到损害，特别是在薄束。下腰段脊髓只累及锥体束。多先在后索的中心白质中有一卵圆形苍白区，并向周围扩展，以后累及侧索，严重者除皮质不受损外，白质包括后索、锥体束及脊髓小脑束等均被累及。损害区域髓鞘肿胀，断裂而脱失，然后轴突随之变性。早期治疗可获得完全恢复者，说明病变可停止在一定阶段，此时轴突可能仅小部分受损。
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