由于衣原体已成为当今世界性传播疾病的首位病原体，因此要加强对孕妇生殖道分泌物的衣原体检查，及时发现，早期治疗，以预防新生儿衣原体感染的发生。
1、产前常规筛查
最主要的预防措施是产前常规筛查衣原体，对有感染的孕妇及时进行治疗能有效地改善妊娠结局(减少流产、早产、胎膜早破的发生率)和新生儿的衣原体的感染率。
2、积极治疗孕妇衣原体感染
在妊娠期治疗衣原体可明显减少早产、胎膜早破、低出生体重儿的发病率。
3、剖宫产
新生儿在通过感染衣原体的母亲产道时，可感染衣原体引起结膜炎和肺炎，剖宫产可明显减少发病率(胎膜早破除外)。