单纯的新生儿锁骨骨折通常不会有并发症。由于婴儿愈合能力很强，在长大后，由X光片上甚至有些人都看不出曾发生过锁骨骨折。但严重的新生儿锁骨骨折则会损伤到临近组织。
1、邻近的骨与关节损伤
患儿可合并肩锁、胸锁关节分离及肩胛骨骨折。当锁骨骨折合并肩胛颈移位骨折时，由于上肢带失去骨性的支撑连接作用，骨折端明显不稳。
2、胸膜及肺损伤
由于锁骨邻近胸膜的顶部和上肺叶，移位的锁骨骨折可造成气胸及血胸。合并气胸的发生率可高达30％。
3、臂丛神经损伤
锁骨骨折移位时可造成臂丛神经根的牵拉损伤。损伤部位常在锁骨上，颈椎横突水平，或神经根自脊髓分支处。骨折块的移位也可在局部造成臂丛神经的直接损伤，构成尺神经的分支常易受累。
4、血管损伤
锁骨骨折合并大血管损伤者较为少见。可见于较大暴力、骨折明显移位时。偶也见于锁骨成角畸形或青枝骨折时。常易受累的血管有锁骨下动脉、锁骨下静脉和颈内静脉。腋动脉及肩胛上动脉损伤也有时发生。血管损伤的病理改变可为撕裂伤、血管栓塞、血管外压迫或血管痉挛等。