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埃可和柯萨奇病毒经呼吸道或口腔进入消化道，侵入肠道黏膜，在该处的上皮细胞及肠壁淋巴组织中居留和增殖，在早期也可在咽部淋巴组织停留和增殖，时间较短。病毒可从上述部位经淋巴及血液循环到达全身各器官，引起内脏器官病变。
