关于自身免疫反应的发病机制，在许多情况下较之对自身免疫抗体生成的机制有更多的了解。在某些自身免疫性溶血性贫血，红细胞为细胞毒性(Ⅱ型)自身抗体所包被，于是补体系统像对待被同样包被抗体的异种粒子那样，与细胞表面抗原及抗体所形成的复合物相互作用，导致红细胞被吞噬和溶解。
自身免疫性肾损害可以是抗体介导(Ⅱ型)或免疫复合物(Ⅲ型)反应的结果。抗体介导反应见于Goodpasture综合征，其肺和肾的疾病与抗基底膜抗体的存在有关。系统性红斑狼疮伴有肾炎是人所皆知的与可溶性抗原抗体复合物(免疫复合物)有关的自身免疫损伤的最好例子。另一例子是一种与含肾小管抗原的免疫复合物有关的膜性肾小球肾炎类型。链球菌感染后肾小球肾炎可能部分是由于链球菌引致的交叉反应抗体所致。但这种看法尚未证实。
在系统性红斑狼疮和其他一些系统性(与器官特异性相对而言)自身免疫病中，有各种各样的抗体生成。血液有形成分的抗体与自身免疫性溶血性贫血，血小板减少症，可能还与白细胞减少症有关；抗凝抗体可引起出血问题。细胞核物质抗体使产生的免疫复合物不仅沉积于肾小球，也可沉积于血管组织和真皮与表皮结合处。类风湿性关节炎时可见凝聚的IgG类风湿因子(RF)与补体的复合物沉积于滑膜。类风湿因子通常是一种对自身IgG重链恒定区上的受体有特异性的IgM球蛋白(偶为IgG或IgA)。IgG-RF-补体的聚合物也可见于中性粒细胞内，在该处引起溶酶体酶释放，从而导致关节炎症反应。关节内出现大量浆细胞，并可合成抗IgG抗体。T细胞和淋巴因子也可见于类风湿性关节内，可能也与炎症过程有关。引致免疫变化的过程尚不清楚，有可能是细菌或病毒感染。在系统性红斑狼疮中血清补体浓度的降低反映发生了广泛的免疫反应；而类风湿性关节炎则不同，血清补体正常但滑膜内补体浓度降低。