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Whipple病最常见的症状是长期的多发性反复发作性关节炎或关节痛。在关节炎出现前，有的病人已有腹泻，逐渐出现脂肪泻。有典型小肠吸收不良症状，个别病例可无腹泻，仅有腹痛与低热。另有全身淋巴结肿大，少数病人有脾肿大。
