Whipple病由细菌感染引起，常出现腹泻以及严重的吸收不良等并发症，也可出现心脏、肝脏、神经精神疾病的症状。腹泻(diarrhea)是一种常见症状，是指排便次数明显超过平日习惯的频率，粪质稀薄，水分增加，每日排便量超过200g，或含未消化食物或脓血、粘液，腹泻常伴有排便急迫感、肛门不适、失禁等症状。腹泻分急性和慢性两类。
吸收不良综合征是一种由小肠对营养物质吸收受到障碍所引起的综合征，临床分为原发性和继发性两类。原发性吸收不良综合征是因小肠黏膜具有某种缺陷，影响物质吸收和脂肪酸在细胞内的再酯化引起的。继发性吸收不良综合征见于多种因素造成的消化不良或吸收障碍，主要因素有肝、胆、胰疾病导致的胭盐及胰消化酶的缺乏。胃大部切除术后，短肠综合征、消化道pH值的改变及小肠疾病或肠系膜疾病等均可影响小肠的吸收功能和消化功能。全身性疾病及部分免疫性缺陷所致的消化吸收功能不全，有麦胶性肠病和热带口炎性腹泻。