与其他疾病一样食管结核的诊断必须是综合性的，单靠临床表现，影像学检查及食管内镜检查而缺乏病原学证据易出现漏诊和误诊，实验室检查，尤其是细菌学检查是食管结核诊断的核心，是确定诊断的检查项目，目前临床常用的实验室检查方法有以下几种。
一、实验室检查
1、细菌学检查
食管内镜检查取得的活检标本进行培养，如能找到结核杆菌，即可诊断食管结核，但有吞咽障碍的病人几乎都就诊于综合医院的胸外科或消化内科等，而不是结核专科医院，而活检标本中结核杆菌的含量及较严格的培养条件等因素使得细菌培养的阳性率甚低，且在国内较多的综合性医院中实施起来也十分困难。
2、组织病理学检查
Rosario等（1989）报道对食管内镜检查取得活检标本进行病理学检查可发现抗酸杆菌，但对其进行细菌培养却无法找到结核杆菌，他们推测可能是由于之前曾进行过抗结核治疗的缘故。
3、结核菌素试验
结核菌素是结核杆菌的特异产物，是鉴定人体是否感染结核杆菌以及人体对结核杆菌感染反应程度的一种生物制剂，广泛应用于结核病的流行病学调查和临床诊断及鉴别诊断，目前临床采用的结核菌素试验是结核菌素纯蛋白衍生物试验，即PPD试验。
疑有食管结核的病人进行PPD试验时，如结果呈强阳性，则有利于食管结核的诊断；如呈一般性阳性反应或阴性，需加大浓度重复试验，其结果如仍无显著变化，则可除外食管结核的诊断，但应注意一些重症病人，使用免疫抑制剂治疗的病人及粟粒型食管结核病人可能出现阴性反应；对PPD试验新近转阳者，应考虑食管结核的可能。
4、血清学试验
血清学检查血清凝集素试验滴度大于1∶160，有一定诊断价值，用放免法及酶联法检测血清中甘露聚糖抗原，或用琼脂凝胶扩散和反向免疫电泳检测真菌抗体等，对真菌感染似有特殊价值，但有待进一步验证。
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