预防旅行者腹泻需提高旅游者的卫生意识，出外旅游保持良好的个人卫生习惯，确保饮食、饮水卫生。饮用符合卫生标准的水和饮料，不喝生水，不吃生冷食物，水果吃前应清洗、去皮或消毒。食具、牙具和饮具应经常清洗或消毒。餐前便后及接触污物后洗手。气候变化时，避免过热或受凉。目前尚无预防腹泻的特效药，有报道每天服用大剂量次水杨酸铋可明显降低DT的发病率，其机制可能是该药可防止病原菌吸附于肠黏膜。小剂量使用该药液和药片的效果不明。但鉴于每天要摄入相当于8～12片阿司匹林量的水杨酸，因此有出血性疾患者应禁用。
使用无害的微生物(如乳杆菌属，双歧杆菌)，使之定植于肠道内，从而抑制致病微生物的生长的概念已经存在数十年之久。事实表明这一方法是可行的，但对于现有乳杆菌来说，长期定植很困难。目前正在采用分子遗传学方法以生成定植能力更长(也许治疗效能也更佳)的菌株。现在已经有了口服霍乱活疫苗，其中最成功的活疫苗来源于霍乱弧菌01，其生成霍乱毒素和其他霍乱弧菌毒素(封闭毒素带和副霍乱肠毒素)的基因已被敲除。目前正在开发的口服疫苗有轮状病毒、ETEC、志贺菌属和沙门菌属。