根据引起旅行者腹泻的发病原因不同，并发症往往不同。
1、偶尔感染性结肠炎可暴发性发作，并伴有中毒性巨结肠。
2、伴发的关节炎或Reiter综合征(非淋病性关节炎、结膜炎、尿道炎)可并发侵袭性腹泻，如病因系空肠弯曲菌或小肠结肠耶尔森菌时尤为如此。
3、沙门菌属的全身性侵袭可导致骨、关节、脑膜和胆囊的局灶性感染。
4、Guillain-Barré综合征(急性感染性多发性神经根神经炎)是一种弯曲菌属感染的并发症。
5、EHEC感染可并发溶血性尿毒综合征和血栓性血小板减少性紫癜。
6、极少部分患者可出现菌血症或转移性感染。部分患者腹泻后出现持续数月的吸收不良。