流行性腮腺炎实际上是全身性感染，病毒经常累及中枢神经系统或其他腺体或器官而产生相应的症状。甚至某些并发症不仅常见而且可不伴有腮腺肿大而单独出现。
1、脑膜脑炎
腮腺炎病毒昰神经组织病毒，脑膜脑炎是儿童时期最为常见的并发症，男孩较女孩多3～5倍。腮腺炎脑炎与其他原因引起的脑炎不易鉴别，以头痛、呕吐、颈项强直为常见症状，20％的患儿发生惊厥。脑脊液中白细胞总数正常或稍增高，以淋巴细胞为主。脑膜脑炎症状可能在腮腺肿大前或同时发生，也有腮腺肿后2周内出现。脑电图可有改变但无特异性。一般预后良好。个别脑炎病例也可留有后遗症。中国已有血清学证实的腮腺炎脑炎病例，自始至终无腮腺肿痛者。
2、睾丸炎
男性患儿最常见的并发症，青春发育期后的男性发病率14％～35％。早期症状常发生在腮腺肿大1周左右，突然发高热、寒战、头疼、恶心、下腹疼痛、患侧睾丸胀痛伴剧烈触痛，阴囊临近皮肤水肿、发红也显著，鞘膜腔内可有黄色积液。病变大多侵犯一侧，1/3～1/2的病例发生不同程度的睾丸萎缩。由于病变常为单侧，即使双侧也仅部分曲精管受累故很少导致不育症。常伴发附睾炎。
3、卵巢炎
占青春期后女性患者的5％～7％。卵巢炎症状有发热、呕吐下腰部酸痛，下腹部轻按痛，月经周期失调，严重者可扪及肿大的卵巢伴压痛。迄今尚未见导致不育的报告。
4、胰腺炎
严重胰腺炎罕见，轻型及亚临床型较常见。表现为中上腹疼痛和触痛，伴呕吐、发热、腹胀、腹泻或便秘等。如不伴有腮腺肿大可误诊为胃肠炎。血中淀粉酶不宜作诊断依据，血清脂肪酶值超过1.5U/dl(正常为0.2～0.7U/dl)提示最近发生过胰腺炎。
5、其他
心肌炎、肾炎、肝炎、乳腺炎、甲状腺炎、血小板减少、关节炎等。眼的幷发症有角膜炎、泪腺炎、巩膜炎、虹膜睫状体炎视乳头炎。一般3周内恢复。