近端(Ⅱ型)肾小管性酸中毒的病因包括原发性和继发性两种。具体病因和机制如下：
一、原发性 病因不明，一般认为与遗传有关。仅表现为HCO3-再吸收障碍，不伴有其他肾小管和肾小球功能障碍。散发性，婴儿为暂时性；遗传性，为持续性，呈常染色体显性遗传或常染色体隐性遗传。
二、继发性 常继发于全身性疾病，可伴多种肾小管功能异常，以范可尼综合征最为多见。 1、伴其他遗传病：伴有其他近端肾小管功能障碍的遗传性疾病，如特发性范可尼综合征、胱氨酸病、眼-脑-肾综合征（Lowe综合征）、遗传性果糖不耐受症、酪氨酸血症、半乳糖血症、糖原贮积病等。 2、药物和毒素肾损害：如碳酸酐酶抑制物、甲基3-色酮、马来酸中毒、重金属（钙、铅、铜、汞）中毒等。 3、其他：如亚急性坏死性脑脊髓病（Leigh综合征）、法洛四联症、肠吸收不良、甲状旁腺功能亢进、遗传性肾炎、肾移植慢性排斥反应、多发性骨髓瘤、淀粉样变性、慢性活动性肝炎、肾髓质囊性病、Wilson病等。