Hughes-Stovin综合征临床分为三期，其具体临床表现如下所述。
1、第1期
由于颈静脉血栓形成而有颅内压升高，患者有头痛、呕吐、视力障碍等，脑脊液压力升高，血沉加快。
2、第2期
浅表或深部静脉反复血栓形成，伴有发热。发热与血栓形成之间可能具有某种关系，而不是由于菌血症和脾大等造成发热，且抗菌药物治疗无效。
3、第3期
以咯血为主诉，而有胸部病变出现。胸片中可见到局限性结节状阴影，因为肺动脉瘤是极少见的疾病，又靠近肺门，易将这种病征性阴影误认为肿瘤性疾患。咯血可持续数周，终因肺动脉瘤破裂发生大咯血而死亡。