Hughes-Stovin综合征的治疗包括药物治疗和手术治疗，其具体治疗方法如下所述。
一、抗凝治疗
1、肝素：首剂50～75mg加生理盐水20～40ml，静注，维持血凝时间(试管法)为正常对照者的2～3倍(20～35min)，以后每4～6h给50mg；也可200mg加5％葡萄糖液静滴，维持24h。以上剂量用8～10d后减量到停药，或改口服抗凝药。
2、口服抗凝药：华法令钠开始10～15mg/d，3～5d，待凝血酶原时间适度延长(活动度约15％～25％)时，调整用量并维持12周，维持量2～15mg/d。
3、溶血栓疗法：链激酶25万～50万U溶于5％～10％葡萄糖液或生理盐水100ml中，30min静脉滴完，以后每小时10万U，维持24h，与肝素并用疗效更好。也可用尿激酶20万U静滴，以后每小时20万U，维持8～12h。有出血性疾病、严重高血压、糖尿病视网膜病变、消化道溃疡、近期做过大手术以及过敏性素质者，禁用溶血栓疗法。
二、手术治疗
对抗凝治疗无效、大的或反复肺动脉栓塞、使肺循环阻断>50％并导致肺动脉高压者适宜手术治疗。栓塞部位确定者可行肺栓子切除术，也可行下腔静脉阻断术，以减少来自盆腔和下肢的栓子循环入肺。