反流性食管炎最常见的并发症为食管狭窄、出血、溃疡等，若侵蚀咽部可造成Delahunty综合征，反流物被吸入呼吸道亦可引发吸入性肺炎。
1.食道恶变：食道中发生癌肿的发生率不甚确切，长期反流物进入Barrett食道可能起恶变作用。Brrett食道的柱状上皮区内可以发生异型增生，程度可自低度到高度，有时低度异型增生不易与正常柱状上皮区别，高度异型增生与原位癌有时难予区别，并可进展至浸润癌。
2.食道狭窄：食道狭窄是食管炎最常见的并发症，发生率为15％～100％。狭窄部位多于食道中上段的鳞-柱状上皮交界处，而胃食道反流引起的狭窄多位于食道下段。
3.胃肠道出血：可表现为呕血或便血，并伴有缺铁性贫血，发生率约为45％，其出血来源为食道炎和食道溃疡。
4.食道溃疡：食道引起溃疡的发病率为2％～54％，食道柱状上皮受酸性消化液腐蚀后可以发生溃疡，出现类似胃溃疡的症状，疼痛可放射至背部，并可引起穿孔、出血、浸润，溃疡愈合后发生狭窄，出现下咽不畅的症状，甚至可穿透主动脉导致大出血而迅速致死。
5.Delahunty综合征：反流的胃液可侵蚀咽部、声带和气管而引起慢性咽炎、慢性声带炎和气管炎，临床上称之Delahunty综合征。
6.吸入性肺炎：胃液反流和吸入呼吸道尚可致吸入性肺炎。
会导致伤口感染、瘀积子宫内膜增生，功能性出血等诸多病菌繁殖，经久难治；中期常以贫血、心烦、心慌、心累、气促、食欲减退、四肢无力、眼脸、下肢浮肿、小腹胀痛、子宫内膜、宫颈、附件经常发炎、浆膜囊肿；后期小腹出现时聚时散大小不等的包块[详细]
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