藏毛窦和藏毛囊肿发病原因，真正病因不详，但学术界一般有如下两种学说。
一、先天性
由于髓管残留或骶尾缝发育畸形导致皮肤的包涵物，但与婴儿的中线位肛后浅凹部位很少找到藏毛疾病的前驱病变，而在成年人确多见。
二、后天性
认为窦和囊肿是由于损伤，手术，异物刺激和慢性感染引起的肉芽肿疾病，近来证实由外倍进入的毛发是主要病因，臀间裂有负吸引作用，可使脱落的毛发向皮下穿透，裂内毛发过多过长，毛顶部有滤过和浸软毛肤作用，毛发穿入皮肤，形成短道，以后加深成窦，毛根脱落到窦内也可使毛干穿透，在发病过程中可见运动改变。但只有一半病例可发现毛发，此病多见于多毛平，皮脂过度活动，臀间裂过深和臀部常受伤的病人，汽车司机骶尾部皮肤常受长期颠波，损伤，可使皮脂腺组织和碎屑存积于囊内，引起炎症，美国陆军发生这种病较多，称为吉普病，常见的病菌有厌氧菌，葡萄球菌，链球菌和大肠杆菌。