埃博拉病毒病主要对肝、脾和肾等多种器官造成损害;部分患者出现肌痛、乏力、化脓性腮腺炎、听力丧失或耳鸣、眼结膜炎、单眼失明、葡萄膜炎等损害，可并发有心肌炎、肺炎等症。
心肌炎的症状是胸闷、心前区隐痛、心悸、乏力、气急、腹痛、恶心、呕吐、头痛、头晕、肌痛、关节痛、尿少、尿闭等。部分病人可有神经系统症状。心肌炎患者则除常见心律失常外，多数呈进行性心力衰竭。体格检查时可见心脏扩大，有与体温不相称的心率增快或心率减慢。可能有瓣膜相对关闭不全的杂音，舒张期杂音常为相对性二尖瓣狭窄所致，尚可有心包摩擦音、交替脉，各种心律失常及肺部啰音。也可有肝大下肢凹陷性水肿及血压下降等。
而肺炎以发热伴胸痛、咳嗽、痰多、喘憋、呼吸困难等为特征。由于肺充气减少可出现低氧血症，由于过度通气可出现呼吸性碱中毒。偶有恶心，呕吐，全身不适和肌肉疼痛等其他症状。