肝内胆管结石是指肝管分叉部以上原发性胆管结石，绝大多数是以胆红素钙为主要成分的色素性结石。虽然肝内胆管结石属原发性胆管结石的一部分，但有其特殊性，若与肝外胆管结石并存，则常与肝外胆管结石的临床表现相似。由于肝内胆管深藏于肝组织内，其分支及解剖结构复杂，结石的位置、数量、大小不定，诊断和治疗远比单纯肝外胆管结石困难，至今仍然是肝胆系统难以处理、疗效不够满意的疾病。
国外的肝内胆管结石发病率较低，一组2700例胆系手术中仅占1.3％，且大多数为继发于胆囊的胆总管结石经上行移居在肝内胆管而形成。但在国内，肝内胆管结石的发病率较高，特别是在我国福建、江西和山东等省肝内胆管结石的发病率可占胆系结石的30～40％。发病率较高的原因可能与蛔虫所致胆道感染有关，亦可能与饮食中低蛋白、低脂肪饮食有关。肝内胆管结石可广泛分布于两叶胆管各分支内，亦可局限于一处，一般以左肝外叶或右肝后叶最为多见，可能与该处胆管弯度较大和胆汁引流不畅等有关。中山医院一组92例肝内胆管结石中，单纯左肝管结石占31.3％。我国肝内胆管结石大多数是原发性胆管结石，其性质以胆色素钙结石为主。肝内胆管结石多数合并有肝外胆管结石。