1、CEA检测：临床意义极有限，阳性率不高，且增高水平与肿瘤发展和分期无直接关系，也许对诊断肝转移和监测肿瘤复发有帮助，鳞状细胞癌抗原的表达在肛管癌有较高的敏感性和特异性，但与肿瘤分期无关，临床应用有限，HPV抗原的检测等有报道，其临床价值有待进一步研究。
2、活检：任何肛管和肛门周围的可疑病变均要行活检，发现腹股沟可疑淋巴结也要行活检，组织学检查还可区分肛管鳞癌与腺癌，对于部分感觉明显疼痛的病人，需要在麻醉下进行；对于肿大的腹股沟淋巴结也可行细针穿刺活检术；对于高度怀疑的病变，如果穿刺结果阴性，应行外科手术活检。
3、现代影像学：用现代影像学方法如肝脏B超，CT和肺部X线检查很容易发现有无肝脏，肺转移，也较为准确。