寻找瘘口位置是诊断乙状结肠膀胱瘘的关键。膀胱镜对了解膀胱腔内病变及膀胱瘘口的位置有重要价值，对疾病的诊断率约67％，可见膀胱内漂浮的粪渣，黏膜局部红斑样改变，脓苔附着等，甚至可直接发现瘘口。膀胱造影和IUP检查意义不大。
肠腔瘘口主要通过钡剂灌肠和结肠镜检查确定，钡剂灌肠因肠腔的高顺应性，瘘口狭小以及瘘管内分泌物的堵塞，钡剂较难进入膀胱；结肠镜是在直视下观察瘘口，因瘘口处红肿、增生、糜烂，及大量渗出物，很难直接观察到瘘口，对糜烂、息肉、肿瘤、憩室阳性率较高。
B超、CT可对膀胱乙状结肠及瘘管全面检查，但CT更准确。文献报道CT诊断准确率为60％-100％，CT诊断膀胱肠瘘特有的征象是膀胱内有气体影，但必须排除泌尿系产气杆菌的存在和医源性产气。此外，CT还可以判定病因。