临床上遇有慢性腹泻、腹痛、发热、贫血、体重减轻、腹部包块、肛门病变和低蛋白血症者，应考虑本病。结合X线检查、内镜检查和活组织检查，即可确诊。
一、实验室检查
1、血常规及血沉
由于失血或骨髓抑制，以及叶酸或维生素Bl2吸收不良，可引起贫血。不同程度的白细胞增多和血沉增速，可反映出病变的活动和炎症程度。
2、生化学检查
血清α2球蛋白升高。腹泻明显者常见低钾、低镁血症。低钙血症是由于广泛肠黏膜受累和维生素D吸收不良所造成的。低蛋白血症是由于蛋白质漏出而引起的。十二指肠液检查甘氨酸和牛黄酸含量比值增高，提示末端回肠病变广泛。血清溶菌酶能反映出活动性肉芽肿的炎症程度，其正常值为5mg/L，本病则在10mg/L以上，可用以判断病期活动性及观察治疗效果。广泛小肠切除有碘-聚维酮试验(Ⅰ-PVP)异常(正常人粪便排泄率<1、5％)，复发者碘-甘油叁油酸酯试验(I-triolein)异常。
3、免疫学检查
类风湿因子、狼疮细胞均为阴性。HLA-B27阳性者易发生周围关节炎或者强直性脊柱炎。血清IgA示预后良好。
二、其他辅助检查
1、X线检查
发病部位以末端回肠为多见，早期由于黏膜下层炎症水肿，X线检查表现肠黏膜皱襞增粗、变平及消失，病变肠形态较固定，但肠管一般无明显狭窄。其他肠道可出现分节、舒张等功能改变。由于分泌增多，钡剂常分散呈斑片状。随着病变的发展，黏膜下层可有大量肉芽组织增生，黏膜皱襞可出现卵石样或息肉样充盈缺损，溃疡形成后，肠腔充盈时轮廓常呈锯齿状或尖刺状，此即龛影所在。肠管外形常固定，局部蠕动消失。因肠壁增厚，肠间距可增宽。晚期肠段可发生大量纤维化。肠腔明显狭窄时，X线显示肠腔呈线状不规则狭窄，黏膜皱襞消失，狭窄段长短不一，从1～2cm到较长范围不等，而且可以间断多发。有时见机械性肠梗阻的X线表现，但多为不完全性肠梗阻。
局限性肠炎单独侵犯结肠者较少见，多发生于右侧结肠，尤以盲肠好发，并常同时伴有回肠末端病变。结肠受侵犯时也可发生于多个节段，并累及左侧结肠。早期表现为结肠动力增速，刺激征象明显，钡剂不易充盈。慢性期肠腔变窄，肠袋变浅或消失，多为一侧性，但有时亦可呈对称性，肠管边缘可有乳头状高低不平的突出或有纵行的小溃疡。除小肠及结肠改变外，还可出现多发性周围性关节炎，但在X线上可以不出现关节侵蚀改变。骶髂关节炎的X线改变同强直性脊柱炎。Acheson(1960)发现，在742例局限性小肠炎病例中，2.3％有强直性脊柱炎。
2、内镜检查
纤维结肠镜检查可发现小的和初期病变，通过活检可获得确切诊断。