慢性鼻咽炎在成人和较大儿童中，因局部症状明显，就诊率高，根据间接鼻咽镜或纤维鼻咽镜所见的鼻咽部粘膜病变情况，较容易诊断。局部咽拭子培养可发现溶血性链球菌、葡萄球菌及肺炎球菌等。此外鼻咽部的CT扫描也有助于慢性鼻咽炎的诊断，对于无法耐受鼻咽镜的患者，可以选用CT对疾病进行检查和诊断。
慢性鼻咽炎因病程缓慢，主观症状常不明显，故可长期存在而未被察觉。但只要对本病的存在和高发病率加以重视，经仔细的鼻咽镜检查一般不难确诊。纤维鼻咽镜为临床提供了十分方便和有效的检查手段，尤其对间接鼻咽镜检查不合作或口咽部狭小者。Horigati（1966）建议用蘸有1％氧化锌的棉签涂软腭背面或鼻咽后壁，慢性鼻咽炎的病人在涂擦时或涂擦后局部有剧烈的疼痛，有时有少量出血。药液涂擦在软腭背面、鼻咽顶壁、鼻咽后壁及下鼻道后外侧壁时，分别引起前额部、头顶部、枕部及颞部的放射痛。鼻咽部特别是咽隐窝局限或孤立的淋巴滤泡须慎重对待，应作活组织病理检查，警惕鼻咽癌的可能。局部咽拭子培养可发现溶血性链球菌、嗜血性流感杆菌等。