膀胱输尿管反流的诊断根据临床表现及影像学、内腔镜检查，诊断不困难，同时，也需要与其他相识疾病鉴别，具体检查方法如下：
1、实验室检查
UTI时尿常规检查有脓尿、尿细菌培养阳性。RN时尿检可发现蛋白、红细胞、白细胞和各种管型。肾功能检查正常或异常。
2、超声检查
通过B超可估计膀胱输尿管连接部机能，观察输尿管扩张，蠕动及膀胱基底部的连续性、观察肾盂、肾脏形态及实质改变情况。有人在B超时插入导尿管，注入气体(如CO2)，若气体进入输尿管则VUR可诊断。晚近用彩色多普勒超声观测连接部功能及输尿管开口位置。但B超对上极疤痕探测具有局限性，对VUR不能做分级。
3、X线检查
(1)排尿性膀胱尿路造影(MCU)：此为常用的确诊VUR的基本方法及分级的“金标准”国际反流委员会提出的五级分类法：Ⅰ级：尿反流只限于输尿管，Ⅱ级：尿反流至输尿管、肾盂、但无扩张，肾盏穹隆正常，Ⅲ级：输尿管轻、中度扩张和(或)扭曲，肾盂中度扩张、穹隆无(或)轻度变钝，Ⅳ级：输尿管中度扩张和扭曲，肾盂、肾盏中度扩张，穹隆角完全消失，大多数肾盏保持乳头压迹，Ⅴ级：输尿管严重扩张和扭曲，肾盂、肾盏严重扩张，大多数肾盏不显乳头压迹。
(2)静脉肾盂造影(IVP)：可进一步确诊有无肾萎缩及肾瘢痕形成。近年认为大剂量静脉肾盂造影加X线段层照片更能显示瘢痕。
4、放射性核素检查
(1)放射性核素膀胱显像：分直接测定法和间接测定法，用于测定VUR。
(2)DMSA扫描技术：用于尿无菌的宾馆，对诊断儿童RN是唯一的“金标准”，特别是5岁以上儿童。Coldraich根据DMSA扫描摄影征象将肾瘢痕分为四级：Ⅰ级：一处或两处瘢痕，Ⅱ级：两处以上的瘢痕，但瘢痕之间肾实质正常，Ⅲ级：整个肾脏弥漫性损害，类型阻梗性肾病表现，即全肾萎缩，肾轮廓有或无瘢痕，Ⅳ级：终末期、萎缩肾、几乎无或根本无DMSA摄取(小于全肾功能的10％)。