首先，腹痛大致分为三种：内脏性腹痛，躯体性腹痛，还有牵涉痛。拉肚子时候的腹痛，大多情况下就属于内脏性疼痛，也就是胃，小肠等产生的疼痛。
其次，人的消化道天生有一个特点，就是感受不到切割刺激，也就是拿刀割或者拿针戳小肠，小肠都不会产生疼痛感，但是如果随随便便牵拉挤压小肠，那就会疼到痛不欲生，并且消化道对化学物质和温度的刺激也是相当敏感，因此在平时晚上睡觉着凉的时候，第二天感觉到肚子疼并且拉肚子。
那食物是怎么变成便便的呢？
当它还是一团食物的时候，会先被牙齿撕碎，经食道进入到胃里，接着就会被大量的消化液所消化吸收。紧接着进入小肠继续消化吸收，等它到了大肠后，水分也被吸收得差不多了，就变成了一条长梭形的便便，堆存起来。就这样，它们和肠道一直和平相处着，等堆积到一定数量后，排出体外。
但是如果不小心吃了不新鲜的东西，一些病菌就会跟着食物跑进消化道，此时身体产生的炎症，会让很多的液体渗入到肠道里，导致肠道里的食物变得稀糊，变得更稀了。
同时被细菌搅得翻天地覆的肠道也就不能把一堆食物给完全吸收了，这团东西就会变得又多又稀，堵在肠道里，越堆越多，然后肠蠕动就会越来越厉害，想赶紧把便便排出去，再加上炎症产生的化学物质的刺激，肠道又累又困，生病的身体加上超负荷的工作，就开始受不了了，也就发生了疼痛。
有时由于炎症的存在，一直会刺激着肠道的痛觉感受器，即使便便排了出去，疼痛也不会得到很好的改善，只能把炎症消下去后，才会恢复健康。
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