透明细胞癌的真正起因仍不能确定，认为能够引起透明细胞癌的有放射线、太阳光，游离性辐射品，如铀、镭、紫外光线。透明细胞癌主要的病因因素有以下方面：
1、空气污染产生碳氧化合物，易刺激呼吸道，引起肺透明细胞癌。饮食的不当，如嗜吃酸辣食物或腌浸蔬菜，易得胃透明细胞癌，而一些食品添加剂和着色剂，也可能导致透明细胞癌。高脂肪食物可能与大肠透明细胞癌、乳腺透明细胞癌有关。
2、一些发霉食物如酱类或干湿物上长有真菌，进而产生霉素，可能引起透明细胞癌。尤其是黄曲霉素，已被证实与肝透明细胞癌关系密切。
3、某些药物，例如荷尔蒙，也被怀疑与乳透明细胞癌、子宫透明细胞癌有关。
4、个人习惯中吸烟者比不吸烟者易患肺透明细胞癌20倍，口腔癌3-10倍，喉癌3-17倍。性生活的多少与妇女子宫透明细胞癌有关。
5、滤过性病毒与寄生虫
6、一部分血液及淋巴癌症与病毒有关，如软部肿瘤、子宫颈癌、鼻咽癌亦然。