玫瑰糠疹的病因尚未明确。有季节性发作，皮疹有自限性，很少复发，初起为前驱斑，又未发现任何确定的变态反应性的物质引起本病，因此多数认为与病毒感染有关。
最近国内研究玫瑰糠疹与柯萨奇B组病毒感染的关系，研究结果表明，玫瑰糠疹急性期患者血清柯萨奇B组病毒特异性IgM的阳性率明显高于健康对照组，血清循环免疫复合物的含量急性期明显高于恢复期，中和试验和病毒分离都证明患者体内有柯萨奇B组病毒感染，这些结果提示玫瑰糖疹的发病与柯萨奇B组病毒感染有直接关系。
此外，真菌、细菌感染或螺旋体等其他微生物的病源说法也未被证实。也有人认为是某种感染的一种过敏诊或胃肠中毒的皮肤表现。