新生儿出生前、出生时及出生后的各种致病因素，均可引起急性肾功能衰竭。按肾损伤性质及部位不同，可将病因分成肾前性、肾性和肾后性三大类。
一、肾前性
新生儿期凡能使心搏出量减少或血容量不足的临床因素，均可能引起肾血流灌注低下，导致肾前性肾功能衰竭。新生儿肾血流灌注不足，最常发生在生后48h以内的多种病理状态，如窒息缺氧、呼吸窘迫综合征、心力衰竭、低血压、严重脱水、大量出血、败血症、低体温等。
二、肾性
由肾实质损害引起，又称为真性肾功能衰竭。主要病因如下。
1、肾缺氧：窒息缺氧严重或持续时间延长可致不同程度的肾脏损害，主要见于围生期缺氧。
2、肾缺血：大量失血，肾动脉(或肾小动脉)血栓形成、栓塞及狭窄，肾皮质或髓质坏死，肾梗死，肾静脉栓塞(严重脱水、循环不良、糖尿病母亲婴儿)等肾血管病变，均可使肾血流量减少，肾小管供血不足。
3、肾中毒：致病因素包括致肾毒性抗生素，如氨基糖苷类抗生素、多黏菌素、两性霉素等和易致肾损害药物，如吲哚美辛、妥拉唑林等。
4、其他肾疾病：先天性肾发育异常，如双肾不发育、双侧肾囊性病变、新生儿型多囊肾、先天梅毒病、弓形体病、先天性肾病综合征及肾盂肾炎等。
三、肾后性
肾后性肾功能衰竭主要为尿路梗阻引起的肾功能衰竭，可见于各种先天泌尿道畸形，如后尿道瓣膜、尿道憩室、包皮闭锁、尿道狭窄、输尿管疝、神经源性膀胱等，也可见于肾外肿瘤压迫尿道或医源性手术插管损伤致的尿道狭窄。