卵巢囊肿的发病与内分泌、病毒、遗传、环境及生活方式、药物影响等多种因素有关。
1、内分泌因素：卵巢虽小，却是产生卵子并排卵、内分泌激素、平衡内分泌的重要器官，卵巢囊肿多发生于内分泌旺盛的生育年龄，所以认为与内分泌失调有关。
2、环境及生活方式因素：长期的饮食结构、生活习惯不好、心理压力过大，可以出现生理性卵巢囊肿和卵巢真性肿物。
3、遗传因素：据统计，20-25％的卵巢肿瘤患者有家族史。
卵巢囊肿可以是生理性的，即是正常的随生理周期的变化可以自然消失的；或病理性的，由于疾病而形成的囊肿。正常的卵巢周期仅有1个卵泡发育成熟，其余生长卵泡均在成熟过程中相继萎缩而闭锁。成熟卵泡不排卵而持续增长或闭锁卵泡退化不全，粒层细胞仍分泌液体而形成囊肿。