咽旁脓肿的发生可以由邻近组织的炎症、邻近组织的脓肿、感染等因素导致，其具体发病原因如下所述。
1、邻近组织的炎症：如急性咽炎、扁桃体炎及急性鼻炎、鼻窦炎等，直接侵袭或经血行感染侵入咽旁隙形成脓肿。
2、邻近组织的脓肿：直接溃破或延展，如扁桃体周围脓肿、咽后脓肿、牙槽脓肿、颞骨岩部脓肿及耳源性颈深部脓肿（Bezold氏脓肿）等，均可能引起本病。
3、咽侧壁受异物或器械的损伤引起的感染：如鱼刺刺伤、内窥镜检查时的损伤等，炎症蔓延至咽旁隙，可形成脓肿；咽或口腔手术，如扁桃体切除或拔牙等，麻醉针头可将细菌直接带入咽旁隙引起感染。
4、其他：扁桃体周围脓肿切开排脓时，误将咽上缩肌穿透，也可引起本病。