垂体囊肿是起源于垂体囊的先天性发育异常，又称上皮粘液囊肿、上皮样囊肿、Rathke袋囊肿和垂体胶样囊肿等。
1.临床上与鞍区囊性颅咽管瘤非常相像，有的作者将垂体Rathke囊肿归为颅咽管瘤三种病理分型中的一种，称为上皮样囊肿型或Rathke囊肿型
2.但由于Rathke囊肿与颅咽管瘤临床治疗效果、愈后差别很大，多数作者仍将二者区分开。病理上，垂体囊肿的囊壁被覆单层立方纤毛柱状上皮，内含粘液，而囊性颅咽管瘤的囊壁为复层鳞状上皮有实性上皮细胞巢，常常伴有钙化。临床上垂体囊肿很少复发，愈后良好，而囊性颅咽管瘤容易复发，预后不良。胚胎期的垂体囊大多数退化消失，只有个别的没有退化，形成Rathke囊肿。