出血性肠炎，到目前为止确切的病因都尚未明，但细菌感染和患儿机体的变态反应两种因素相结合可能是发病的主要原因。首先是细菌感染，这种情况肠道细菌感染中以C型产气荚膜杆菌多见，但大多数患儿粪便培养不出细菌，抗生素治疗无显效。第二种变态反应则是指细菌及其毒素、食物均可使机体产生Ⅰ型及Ⅲ型变态反应，病儿常伴有其他过敏性疾病，如湿疹、等麻疹、哮喘等。此外，相关专家表示有些患儿肠内缺乏蛋白酶，使C型产气荚膜杆菌的β毒素易于引起肠粘膜坏死性改变，从而导致本病的发生。但是总而言之，目前所有研究都尚未有明确定论，以上都是一些专家的猜测，具体的病因还要等待有关研究进一步深入，所以如果要从病因开始预防，还是需要我们大家在平时自己多加注意。
