慢性咳嗽的病因与咳嗽类似，但多数慢性咳嗽的临床症状只有咳嗽，所以病因又与咳嗽不太相同。
一、各种鼻、咽、喉疾病引起咳嗽
鼻部疾病引起分泌物倒流鼻后和咽喉等部位，直接或间接刺激咳嗽感受器，导致以咳嗽为主要表现的综合征被称为鼻后滴漏综合征（PNDS）。由于目前无法明确是否引起上呼吸道咳嗽感受器所致，2006年美国咳嗽诊治指南建议用上气道咳嗽综合征（UACS）替代PNDS。
UACS是引起慢性咳嗽最常见病因之一，除了鼻部疾病外，UACS还常与咽喉部的疾病有关，如变应性或非变应性咽炎、喉炎、咽喉部新生物、慢性扁桃体炎等。它的特点是发作性或持续性咳嗽，以白天咳嗽为主，入睡后较少咳嗽，鼻后滴流和（或）咽后壁黏液附着感，有鼻炎、鼻窦炎、鼻息肉或慢性咽喉炎等病史，检查发现咽后壁有黏液附着、鹅卵石样观。慢性鼻窦炎影像学可见鼻窦黏膜增厚、鼻窦内出现液平面。普通感冒引起咳嗽也可能是分泌物沿鼻后滴流刺激所致。由于普通感冒是人类最常见的疾病，故鼻后滴流综合征是引起咳嗽最常见的原因之一。近年来随着气候变迁，大气污染加重，患者叠进感冒药、滥用抗生素等，使本病发病日趋增多。
二、胃食管反流性咳嗽
因胃酸和其他胃内容物反流进入食管，导致以咳嗽为突出的临床表现，属于胃食管反流病（GERD）的一种特殊类型。GERD出现食管外表现的相关机制有两种观点，一种是微吸入，另一种是食管—支气管反射引起的气道神经源性炎症，两者均可引起气道高反应。典型反流症状表现为烧心（胸骨后烧灼感）、反酸、嗳气等。部分胃食管反流引起的咳嗽伴有典型的反流症状，但有不少患者以咳嗽为惟一的表现。
咳嗽是胃食管反流最常见的食管外症状之一，其次为咽球感和（或）咽部异物感、咽喉灼痛、声音嘶哑。其咳嗽多为刺激性干咳，亦可表现为有痰的咳嗽。绝大多数为白天咳嗽，个别表现为夜间咳嗽，常伴胃灼热、反酸及胸痛、恶心等消化系统症状。但临床上也有不少患者完全没有反流症状，咳嗽是其惟一的临床表现。24小时食管Ph监测可以诊断。其机理不清，可能与咽、喉、气管的咳嗽受体受反流物刺激有关。使用制酸剂或促胃肠动力药或H2受体阻止剂、质子泵抑制剂可迅速减轻症状，治疗时间要求3个月以上，一般需2～4周方显疗效。