洋葱假单胞菌为非荧光假单胞菌之一，广泛生长于外界环境，首先是作为可引起洋葱头腐烂的植物病原菌被发现。能在多种消毒剂中生存，如季铵氯苄烷胺(洁尔灭)、洗必泰和聚烯吡酮碘，并由此引起洋葱假单胞菌院内感染流行，可导致心内膜炎、败血症、术后和烧伤创口感染、腹膜炎、骨髓炎、关节炎、脑膜炎、肺炎、肺脓肿，因此可在这些患者的血液、尿液、脓液、胸腔积液和支气管肺泡灌洗液中检出本菌。本菌极强的繁殖生长能力和对现在使用的许多消毒剂、防腐剂有抵抗力，使得它成为较难治疗的院内感染病原。某些洋葱假单胞菌菌株比其他菌株更具有传染性和致病力。个别菌株与大部分新发生的感染有关，不同地区发生的感染也与个别菌株有关。
洋葱假单胞菌为机会致病菌，对健康人体和动物致病力较低。部分病人的鼻窦可能有洋葱假单胞菌生长，以至形成吸入性肺炎。大部分菌株产蛋白酶（明胶酶）和脂酶。细菌可能通过释放毒素和酶直接破坏肺组织，引起坏死性或其他类型肺炎、肺脓肿等；部分菌株能合成吩嗪色素，该色素能阻滞淋巴细胞增生。部分病人还有免疫复合物形成参与组织破坏，如合并铜绿假单胞菌感染，可能和铜绿假单胞菌有协同作用。