本病是常见的先天性心脏病的一种，是由于胚胎期发育异常所致，在怀孕的前3个月中，胎儿可因各种原因导致肺动脉瓣狭窄。其中值得指出的两个重要原因，一个是环境因素：即风疹综合征；另一个是家族遗传因素。如果母亲在妊娠的头3个月内患风疹，即可使胎儿发生风疹综合征，具体表现为白内障、耳聋及心血管畸形，而心血管畸形者最多的就是肺动脉狭窄，也可为肺动脉瓣狭窄。近来研究发现，有家族性肺动脉瓣狭窄，在兄弟当中之发病率为2.9％；在其他综合征中如Noonan综合征，也可有肺动脉瓣狭窄，但大多数患者的病因尚未证实。
其发病率约占先天性心脏病的10％左右，肺动脉口狭窄以肺动脉瓣狭窄最为常见，约占90％，其次为漏斗部狭窄，脉动脉干及其分支狭窄则很少见。各类肺动脉口狭窄其胚胎发育障碍原因不一，在胚胎发育第6周，动脉干开始分隔成为主动脉与肺动脉，在肺动脉腔内膜开始形成三个瓣膜的原始结节，并向腔内生长，继而吸收变薄形成三个肺动脉瓣，如瓣膜在成长过程发生障碍，三个瓣叶交界融合成为一个圆顶状突起的嘴状口，即形成肺动脉瓣狭窄。在肺动脉瓣发育的同时，心球的圆锥部被吸收成为右心室流出道（即漏斗部），如发育障碍形成流出道环状肌肉肥厚或肥大肌束横跨室壁与间隔间即形成右心室出道漏斗型狭窄。
还以下情况也是致病因素：家族史，妊娠前及怀孕过程中母亲的情况（患病），孕期按时进行产检，住地的环境对孕母可能受到的影响，夫妇是否禁烟限酒，远离有毒有害物质（接触或接受放射性治疗、农药、四环素、磺胺、激素、化妆品等），是否有糖尿病、癫痫等。