1.引起不孕：卵巢囊肿对女性健康有极大危害，卵巢是卵子发育、成熟、排出的场所，而各个不同阶段的卵泡在卵巢皮质，若卵巢遭受到破坏，就会造成输卵管机械性阻塞，从而影响卵巢的排卵功能，导致不孕。
2.卵巢囊肿合并妊娠：早孕合并卵巢囊肿的患者，为避免诱发流产，等待至妊娠3～4个月以后进行手术为宜。妊娠晚期发现囊肿，应等待至孕足月，临产后如囊肿阻塞产道应行剖宫产，同时切除囊肿。如诊断为恶性卵巢囊肿，应尽早手术，不应顾及胎儿，处理原则同非孕期一样。
3.卵巢囊肿恶性变：卵巢良性肿瘤恶变多发生于年龄较大尤其绝经后者，肿瘤在短期内迅速增大，患者感腹胀，食欲不振，检查肿瘤体积明显增大，固定，多有腹水。疑有恶性变者，应及时处理。
4.卵巢囊肿蒂扭转：这种并发症比较常见，它是妇科急腹症之一。多见于瘤蒂长，中等大小、活动度大、重心偏向一侧的囊性肿瘤，多发生在体位急骤变动时、妊娠早期或产后。蒂扭转后，由于肿瘤静脉回流受阻、引起充血、呈紫褐色，甚至血管破裂出血。可因动脉阻塞致肿瘤发生坏死、感染。
5.感染：这种情况比较少见，多继发于肿瘤蒂扭转或破裂等。主要症状有发热、腹痛、白细胞升高及不同程度腹膜炎。应积极控制感染，择期手术探查。
6.肿瘤破裂：可因囊壁缺血坏死或肿瘤侵蚀穿破囊壁引起自发性破裂；或因受挤压、分娩、妇科检查及穿刺致外伤性破裂。破裂后囊液流入腹腔，刺激腹膜，可引起剧烈腹痛、恶心、呕吐，甚至休克。检查时有腹壁紧张、压痛、反跳痛等腹腔刺激体征，原肿块缩小或消失。确诊后，应立即剖腹探查，切除囊肿，清洗腹膜。