导致婴儿智力低下：脑损伤可以引起惊厥，惊厥发作也可造成脑损伤。有人证明，一次惊厥发作对近记忆力有一过性影响，相当于脑震荡所致损害；惊厥持续状态可产生严重脑损害，而致智力低下。因为在惊厥性放电时，脑组织有大量的神经元发生快速、反复的脂除极化，需较多的能量维持钠?钾泵的功能，神经递质的合成与释放也增加，细胞代谢过程加快，而且惊厥时体温升高，肌肉抽搐也使全身代谢增加，高热可使动物脑代谢增加25％，这些活动所需能量比正常高出2～4倍。脑的异常放电活动即惊厥放电本身对能量的需要也明显增加，这也是引起脑损伤的一个重要原因。所以惊厥给脑造成了最大的代谢负担。
引起癫痫：准确地预测某一热性惊厥能否出现后遗症，是否会变为癫痫，有一定困难。但根据一些“危险因素”进行估计是有一定帮助的。若热性惊厥首次发作是单纯性的，且惊厥前神经系统正常，则癫痫的发生率为1％；在热性惊厥前已有神经系统异常或为复杂性高热惊厥，则癫痫发生率为2％～3％；若热性惊厥前神经系统已有异常而且为复杂性发作，则癫痫的发生率为9％。并且有报道，热性惊厥病儿如有围产期异常，当转变为癫痫时往往是全身性发作。而另一些热性惊厥的小儿，惊厥时间长，反复发作，或局限性发作，以后转变为癫痫时，往往表现为精神运动型癫痫。