肝包虫囊肿常见的并发症为继发感染和囊肿破裂。感染后引起的病理变化似肝脓肿，但症状较轻。肝包虫囊肿破裂为常见且严重的并发症，多由继发感染、外伤或穿刺引起，以破入腹腔的后果最为严重，此时可导致过敏性休克而致患者死亡，还产生腹腔内继发性包虫囊肿。如子囊破入胆管或肝静脉内，可造成胆道阻塞及肺动脉栓塞。可发生大咯血。24h内咯血量超过600～800ml或每次咯血量在300ml以上。
包虫囊破裂后往往产生毒性反应或过敏反应，严重者发生过敏性休克乃至死亡。局部可产生炎症性肿胀。囊液中含有的头节外渗引起囊外扩散感染，在其附近形成许多新的包虫囊。因而囊肿穿刺绝对禁忌，手术中要防止剥破囊壁。