急性结膜炎易导致的并发症是会有些细菌的感染可伴发上呼吸道炎症，病情严重者可累及角膜，出现点状角膜上皮病变或周边部角膜浸润或溃疡。急性结膜炎若未能完全治愈可转为慢性结膜炎。也有多数病例在发病时，可有耳前颌下淋巴结肿大，并有压痛。该症状随结膜炎的消退而消失。极少数病例尚可出现虹膜炎的改变。对于神经系统的并发症，临床极其少见。该并发症具有如下特点，该病多发生于成年的男性；常在结膜炎后的两到三周发生；前驱症状有发热、倦怠、头痛及感冒的症状；初起表现为神经根刺激症状和急剧的肌力低下，数日后表现为运动麻痹瘫痪为弛缓性，主要累及下肢；重视者可造成肌肉萎缩，轻度或中等者可以恢复正常 虽然上述神经系统合并症发生率很低，但较为严重，并可导致永久性瘫痪。
