动脉导管未闭患儿由于心脏功能与血液循环异常，在疾病未得到有效治疗前易并发以下几种疾病。
1、呼吸道感染
呼吸道感染是儿童易患疾病，而动脉导管未闭患儿由于存在左心室、左心房或主动脉向右心室、右心房或肺动脉分流的“左向右”分流的先心病，由于左心系统富含氧的动脉血大量分流到右心系统，引起肺动脉血流增多，造成肺部充血，加上先心病孩子的抵抗力弱，容易受到病毒的侵犯，导致感冒、咳嗽和肺炎等呼吸道感染。
2、感染性心内膜炎
动脉导管未闭患儿由于血流从压力高的心腔或血管经狭窄空道流向低压的心腔或管腔，产生虹吸压力效应而形成涡流，或由于射流损伤，造成心内膜或心脏瓣膜损害，使胶原组织暴露导致血小板、纤维蛋白原在瓣膜上聚集，在此基础上微生物能轻易的种植在无菌性赘生物上，造成感染性心内膜炎。
3、心力衰竭
动脉导管未闭时主动脉的血从未闭合的导管直接流入肺动脉，只有少数到体循环供血供氧。未闭处导致左心房扩大，右心室肥厚扩大，达到一定程度时就会发生充血性心力衰竭。