链球菌性咽炎一般无并发症，多在一周内逐渐痊愈。一旦发生并发症，对身体危害极大。主要包括： 1、直接蔓延感染由咽部蔓延到附近组织所致。有扁桃体周围炎、扁桃体周围脓肿、咽旁脓肿、咽后脓肿、急性淋巴结炎、急性鼻窦炎、急性中耳炎、急性喉炎、气管及支气管炎、肺炎等。 2、血行播散感染经血循环侵及身体其他各部。可发生急性关节炎、急性骨髓炎、败血症、腹膜炎、脑膜炎等。 3、晚期并发症有风湿热、关节炎、肾炎、心肌炎等。这些非化脓性晚期并发症称之为“链球菌感染后病态”。目前认为此种并发症并非链球菌直接侵犯各组织所致，而是咽部感染后组织对此种病菌或其代谢产物发生的敏感反应。
