腰间盘突出作为一种退行性疾病，开始进展缓慢，但不及时治疗将会引起较为严重的并发症。
1、粘连、瘢痕：手术部位神经根和椎板切除后硬脊膜暴露部分时常会发生粘连和瘢痕，会留有腰痛或是神经根放射痛。
2、感染：感染情况是所有外科手术共有的并发症之一，腰椎间盘摘除手术除很可能并发手术切口感染外还会可能发生椎间隙的感染。
3、形成腰椎骨赘：退变椎间盘相邻边缘时多会形成骨赘，在椎间孔的骨赘以及后纵韧带上的较大的骨赘，会压迫神经根出现腰椎间盘突出症征象。
4、导致腰椎不稳：腰椎三关节复合体中的椎间盘后关节的退变，均可能导致相互间影响，使得腰椎出现不稳，无法维持脊柱稳定，椎体以及关节突关节出现增生现象，最终会出现纤维性或是骨性强直。
5、大血管损伤：最常见的是经后路手术时损伤到腹后壁大的血管。
6、脏器损伤：血管损伤时还会可能伴有其他的脏器损伤，如膀胱、输尿管或是小肠等。一旦发现就应该立即剖腹探查，及时修补受损的脏器，以免发生腹膜炎。
7、脊柱不稳：部分患者在术后腿痛消失、腰痛持续存在，拍腰椎功能性运动X线片的时侯，有明显的脊柱异常活动。