一、并发症
包括继发感染，在败血症期播散至其他脏器而造成的化脓性病变，脑膜炎本身对脑及其周围组织造成的损害，以及变态反应性疾病。
1、继发感染：以肺炎最为常见，尤多见于老年和婴幼儿。其他有褥疮、角膜溃疡，因小便潴留而引起的尿路感染等。
2、化脓性迁徙性病变：有化脓性关节炎常为单关节性、、全眼炎、中耳炎、肺炎、脓胸、心包炎、心内膜炎、心肌炎、睾丸炎、附睾炎等。
3、脑及周围组织因炎症或粘连而引起的损害：有动眼肌麻痹、视神经炎、听神经及面神经损害、肢体运动障碍、失语、大脑功能不全、癫痫、脑脓肿等。在慢性患者，尤其是婴幼儿，因脑室间孔或蛛网膜下腔粘连以及脑膜炎引起桥静脉发生栓塞性静脉炎，可分别发生脑积水或硬膜下积液，可借CT或MRI等检查以证实。
4、变态反应疾病：在病程后期可出现血管炎、关节炎及心包炎等。关节炎分为早期与后期。早期（2～3天）变态反应性关节炎常见，为多关节性，关节有急性炎症，但关节腔渗液则较少或缺如，常随治疗而迅速好转。后期（4～10天）常表现为亚急性单关节炎，且有关节腔渗液，伴再起发热、胸膜心包炎。渗液为血清血液样。治疗包括抽液及抗炎症药物。
二、后遗症
常见者有耳聋、失明、动眼肌麻痹、瘫痪、智力和性情改变、精神异常和脑积水。